Чтобы компы в разных домменах виделись по короткому имени нужно всего то сделать два wins сервера в этих доменах и настроить репликация между ними
пример:
dc1.domen1.ru
dc2.domen2.ru
и пингуем хоть от туда хоть от сюда по dc1 и dc2 и счеастье есть. Если это не сделать то видимость будет только по FQDN.
